Le première classe Joseph Allen faisait partie du 75e régiment des Rangers de l'US Army opérant en Afgahnistan à la formation de l'armée nationale afghane et au maintien de la paix dans le pays. Il est l'un des quatre personnages jouables de Modern Warfare 2 et le premier dans l'ordre chronologique de l'aventure.

Après une première mission de contre offensive sur le sol afghan visant à éliminer les forces rebelles de la région, Allen est repéré puis recruté par le Général Shepherd afin d'intégrer la Task Force 141, une unité d'élite secrète de contre-terrorisme internationale.

Il doit participer à une mission d'infiltration sous couverture organisée par la CIA. Joseph Allen prend ainsi le pseudonyme d'Alexeï Borodin et joue les agents doubles en infiltrant les rangs de Vladimir Makarov, un important terroriste russe, ancien leader du parti ultranationaliste, perpétrant de nombreux attentas en Europe.

Allen va dés lors devoir participer au massacre de l'aéroport Imran Zakhaev de Moscou orchestré par Makarov. Cet acte terroriste fera des centaines de morts mais la première victime restera Joseph Allen lui même. Connaissant sa véritable identité, Makarov va abattre froidement Allen à la fin de l'attaque et le laisser sur place.

Retrouvé par les forces de police russes, Joseph Allen devient l'élément déclencheur de la guerre entre les Etats-Unis et la Russie, les américains devenant aux yeux du monde les seuls responsables du massacre de l'aéroport de Moscou.

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